Принцесса Селестия решает дать Дискорду свободу, но для этого его нужно перевоспитать. Только Флаттершай надеется на перемены в Дискорде и приглашает его к себе. Поначалу у Флаттершай ничего не выходит, но потом Дискорда удаётся перевоспитать с помощью дружбы.

Планы Искорки по празднованию дня Летнего Солнцестояния приходится отложить в сторону, когда принцессы Селестия и Луна пропадают без вести. Луна и Солнце вместе находятся на небе, из Вечнозелёного леса растёт огромное растение, которое разрастается повсюду. Главный подозреваемый – Дискорд, но он утверждает, что невиновен. Зебра Зекора сделала зелье, но выпить его может только аликорн. Искорка выпивает его и переносится в прошлое, в тот момент, когда Принцесса Луна стала Лунной пони…

В Эквестрию возвращается старый злодей Тирек, который крадёт энергию пони. Искорка готова заняться этим делом, но принцесса Селестия решает отправить Дискорда. А Искорка тем временем пытается открыть шкатулку Древа Гармонии. Ключами оказываются неожиданные вещи: моток ниток Рарити, значок Радуги, игрушечный цыплёнок Пинки, цветок Флаттершай, монета Эпплджек. Но одного ключа не хватает – ключа Искорки. Тем временем Дискорд предаёт пони и присоединяется к Тиреку.

По всей Эквестрии стали твориться странные вещи: с неба полились шоколадные дожди, звери стали превращаться в невероятных химер, а кукуруза на полях – в попкорн. И всё это не удаётся исправить. Оказалось, что виноват в этом дух хаоса и раздора – Дискорд. С ним должны помочь справиться Элементы Гармонии, но во дворце принцессы Селестии их не оказалось, так как их похитил Дискорд. Шестёрке предстоит дойти до конца лабиринта и вернуть Элементы Гармонии.

К Искорке приходит приглашение на свадьбу ее брата, Шайнинг Армора! Но Искорка расстраивается из-за того, что брат не сообщил ей об этом заранее. В то же время к Кантерлоту приближается неизвестная угроза, и Шайнинг Армору нужно усилить охрану, из-за чего у него мало времени на общение с сестрой. Вскоре Искорка узнает, что невеста брата – принцесса Каденс, её бывшая няня. Но Искорка заметила, что с Каденс что-то не так: она её не помнит. Решив, что Каденс желает её брату зла, Искорка решила помешать свадьбе.

Кристальная Империя, которая исчезла тысячу лет назад, вернулась, и вместе с ней вернулся тиран-единорог Сомбра, державший тысячу лет назад жителей Кристальной Империи в страхе. Чтобы сдерживать Сомбру, в Империю отправились Каденс и Шайнинг Армор, но магия Шайнинг Армора оказалась бессильна против Сомбры, а Каденс не может долго сдерживать его в одиночку. Принцесса Селестия отправила в Кристальную Империю Искорку, чтобы она нашла способ победить Сомбру.